这是五十年后的未来，世界被“以前认为穷不过三代的意思是，穷到三代以后就不会再穷了，长大后才知道穷到第三代已经穷得连媳妇都娶不到了，也就没有第四代了。神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。